研究人员认为，艾滋感染者的胃肠道问题，如腹泻、腹部疼痛、便血或体重减轻，其病因很可能是炎症性肠病。肠道含有大量免疫细胞(淋巴组织)。淋巴组织中的CD4细胞是艾滋病毒的主要目标，人体内的艾滋病毒库也会在肠壁中存在。
丹麦研究比较了感染者与非感染者之间的数据，分析了不同群体患炎症性肠病的风险。在研究随访期间，0.82%的艾滋感染者出现炎症性肠病，而非感染者的这一比例为0.63%。大多数艾滋感染者的炎症性肠病为溃疡性结肠炎(70%)。艾滋感染者患炎症性肠病的机率比未感染者高两倍多(HR 2.25)。
在这项研究中，艾滋感染者确诊时的平均年龄为45岁，非感染者为48岁。在40岁以上的人中，感染者确诊炎症性肠病的机率几乎是非感染者的三倍。需要注意的是，患有免疫介导的炎症性疾病，如类风湿性关节炎或狼疮，并不会增加艾滋感染者患炎症性肠病的风险。
此外，研究人员还对美国感染者进行了分析，在美国，艾滋感染者出现炎症性肠病的风险高出41%，但与丹麦不同的是，美国女性感染者的患病风险高于男性。对美国感染者的分析还发现，30岁以下感染者确诊炎症性肠病的风险很高，与非感染者比，他们的患病机率要高六倍。