“应当清醒地看到，我国整体传染病防治能力和水平还有待提升，一些重大传染病的发病率还比较高，一些地区和一些重大传染病的防治基础还不牢固，传染病患者的救治和保障水平还比较有限。”王晨说。
传染病疫情总体形势稳中有降
据报告，对于传染病防治，国务院逐年加大财政投入。如2013年至2017年，中央财政对实施免疫规划和艾滋病、结核病、血吸虫病、包虫病防治等重大公共卫生项目的专项补助资金由56亿元增加到96亿元，年均增长14.4%。
此外，中央财政通过基建投资支持地方疾控中心建设，累计安排补助资金136亿元，使疾病预防控制体系基础设施条件得到明显改善。
针对重大传染病，国家制定了基本医疗保险和医疗救助政策，将耐多药肺结核、艾滋病机会性感染纳入新型农村合作医疗大病保障范围，医疗费用予以减免。
这些措施取得积极效果。据统计，全国传染病疫情总体形势稳中有降。甲乙类传染病年报告发病率、死亡率分别控制在227/10万和1.42/10万以下，平均年报告发病率较上一个五年下降11%。
不安全性行为增加致艾滋病蔓延趋势未遏制
不过，传染病防控面临的形势依然严峻。
全国人大常委会执法检查组指出，首先是人口跨境、跨区域大规模流动加剧传染病传播风险，流动人口容易成为传染病易感人群，防治措施难以完全落实。例如，据呼和浩特海关反映，经常在内蒙古口岸从事跨境运输的外籍交通行业从业人员病毒性肝炎、梅毒等传染病总体患病率高达30%，境内传染风险很大。
此外，活禽、活畜的调运，目前缺乏有效的检疫监管措施，易造成人畜共患病的传播蔓延。不安全性行为的增加导致艾滋病、梅毒等性传播疾病蔓延的趋势未得到有效遏制。生态环境的破坏，使一些新病种的出现逐年加快，传染病防治情况愈加复杂，传染病防治难度持续增加。
学校专业卫生人员配备不足
面对如此形势，我国防控能力还显不足。
在检查中，各地普遍反映，一些基层疾控机构基础设施落后、检测设备缺乏、业务能力有待提高等问题较为突出。例如新疆霍尔果斯作为重要口岸城市，目前无专业疾病预防控制机构，相关工作和基本公共卫生职能由市人民医院的一个科室负责，传染病监测检验能力明显不足。
此外，学校和托幼机构专业卫生人员配备不足，与国务院批准发布的《学校卫生工作条例》规定的600：1的标准差距较大，相当数量的中小学没有按规定设置校医室或保健室。
故意传播重大传染病或明确法律责任
执法检查组还指出，国境卫生检疫法及其实施细则是上世纪80年代制定的，一直沿用至今，未对内容进行过实质性修改。目前境内发现外籍传染病患者，相关的防治和管理等措施缺乏明确的法律依据。
2004年修订的传染病防治法本身也需要更新。检查组指出，传染病防治法部分条款已经不能适应当前传染病防治工作的实际需要。例如，新突发传染病发生时密切接触者的隔离缺乏明确法律依据，不能依法采取强制隔离措施及时控制其流行;该法部分条款有义务规定没有法律后果，法律责任部分有些条款存在处罚过轻、违法成本低、警示作用不强、操作性弱等情况。
执法检查组提出，认真研究地方所提建议。如在相关法律法规中明确对故意传播艾滋病等重大传染病的法律责任、约束手段或追究办法；明确医疗卫生机构和艾滋病、梅毒等传染病患者的强制告知义务，保护利害关系人的合法权益。