根据《中国疾病预防控制中心关于做好 2020 年度预算执行和绩效运行“双监控、双督促” 落实工作的通知》要求，艾防中心及时对2020年度项目预算执行和绩效执行情况进行总结，并通过此次绩效监控工作健全工作机制，优化管理流程，明确责任和工作要求，将预算执行和绩效管理有机结合、有效衔接，持续推进预算执行和绩效管理一体化进程。
艾防中心领导高度重视项目支出绩效监控工作，要求规划财务室加强国库集中支付资金管理，强化预算执行动态监控；要求各业务科室提供绩效执行情况，形成总结报告，分析研究偏离原因，并制定下一步工作方案。艾防中心现有7个财政项目和8个非财政项目，因今年突发新冠疫情，导致整体预算执行率同往年相比降低较大。综合分析各项目偏离原因后，艾防中心已制定下一步工作计划，下半年将加快工作进展，克服困难，以保证达成年初绩效目标。