以现有的活性分子为先导化合物，运用多靶点药物设计、双底物配体、抗体募集型分子设计等逐渐成为提高抗耐药性、发现HIV抑制剂的新策略。但是运用这几种策略进行结构修饰会导致目标化合物的分子量显著增加、成药性改变。此外，选择合适的模版分子、并确定合适的抗体链接位点是抗体募集型分子设计的关键。
　　提高配体效率、剔除hERG抑制、增加药物驻留时间（residence time）等多目标结构优化理念目前也已应用到HIV抑制剂的结构优化中。作者提出，通过基于靶点结构合理设计共价抑制剂是提高药物驻留时间的有效途径，这一思路会逐步应用到HIV抑制剂的设计中。此外，基于靶点-配体复合物晶体结构的分子杂合、构象限制、环系的剖开等也是HIV抑制剂结构骨架演化（scaffold evolution）的常用方法。
　　随着人们对HIV-1分子生物学及结构生物学的深入研究，发现并确证一些抗艾滋病药物作用的新靶点，如宿主因子、蛋白-蛋白相互作用、蛋白-核酸相互作用等，基于这些新靶点的关键氨基酸残基及“底物包被”假说等新理念进行“精准”药物设计也是克服现有药物耐药性的重要策略。
　　多数HIV抑制剂水溶性较差导致其生物利用度较低，为解决该科学问题，近年来，磷酸酯、碳酸酯等新型前药结构逐渐运用到水溶性差的HIV非核苷类逆转录酶抑制剂、整合酶抑制剂、gp120抑制剂、蛋白酶抑制剂的结构修饰中。特别是磷酸酯类gp120抑制剂前药Fostemsavir(BMS-663068)即将进入临床III期，成为近年来为数不多的突破性抗艾滋病首创药物。
　　HIV-1不能被彻底清除的主要障碍，是由于HIV-1的潜伏感染细胞（静息记忆CD4+T细胞）所构成的潜伏储库(Reservoir)的存在。处于潜伏状态的病毒多以原病毒cDNA的形式整合至宿主基因组中，难以受到病毒的致细胞病变效应，也不易受到高效抗逆转录病毒治疗药物的作用。如何激活潜伏感染的细胞储存库并联合高效抗逆转录病毒治疗药物进行杀灭是根治艾滋病极具挑战性的关键问题。尽管HDAC抑制剂用于激活潜伏病毒储库已经取得一定进展，但是距离临床应用仍有艰难的道路要走。例如探明不同HDAC亚型在HIV潜伏病毒储库形成中的作用机制，在激活潜伏细胞的同时不增加未感染细胞被感染的敏感性，建立HIV潜伏感染细胞与动物模型，用于各种药物或激活剂的筛选和检测等，均是需要亟需解决的问题。
　　总之，药物化学传统方法和药物设计新理念、新技术在抗艾滋病药物研发中综合运用、相得益彰，并已取得了令人瞩目的进展。有理由相信，药物化学、结构生物学、计算化学等多学科交叉将在未来抗HIV药物的研发中呈现更加光明的前景。

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