随着年龄的增长，艾滋感染者对健康担忧不仅限于艾滋相关疾病。即使艾滋治疗成功，感染者出现非艾滋相关疾病(如癌症或心脏病)的风险也比一般人群高，以至于今天的艾滋感染者更有可能死于与艾滋无关的疾病，而不是与艾滋病毒相关的疾病。
慢性疾病
即使艾滋感染得到了治疗，也会使你的身体处于持续的低水平炎症状态。随着时间推移，这可能导致重要器官变化，使它们过早“衰老”，让慢性病发病时间比一般人群早10至15年。在未持续治疗和可检测到病毒载量的人中，风险最大。
这些慢性病包括：
心血管疾病：艾滋病毒单独增加了心脏病(包括心脏病发作、中风和心力衰竭)的风险，从50%到100%不等。
癌症：感染者的非艾滋相关癌症，如黑色素瘤、肺癌和肝癌的发病率是一般人的4到8倍，而霍奇金淋巴瘤和肛门癌的发病率是一般人群的41到124倍。
糖尿病：携带艾滋病毒的人患2型糖尿病的可能性是常人的四倍，而且某些抗艾滋药物(如蛋白酶抑制剂)会使血糖更难控制。
艾滋感染者可以采取和其他人一样的措施来预防心脏病、癌症或糖尿病，从而降低患病风险。这包括改变饮食，定期锻炼，常规健康检查，必要时服用他汀类药物或二甲双胍等药物。
HIV相关神经认知障碍
随着时间推移，由艾滋病毒引起的慢性炎症会影响大脑，导致艾滋相关神经认知障碍(HAND)。HAND的症状通常开始若隐若现，但逐渐会变得明显，导致：注意力降低；记忆力差；思维受损；移动缓慢；沮丧；易怒；颤抖抽搐；肌肉痉挛；神经病（针刺感）。
在严重情况下，艾滋脑病(“艾滋痴呆症”)会加重，导致严重的认知和记忆丧失。HAND是长期感染艾滋病毒的后果，很容易被误认为是其他形式的认知能力下降。即使接受治疗，高达40%的艾滋感染者仍会出现某种程度的HAND，但持续的病毒抑制能大大降低风险。
呼吸道感染
根据美国卫生与公众服务部的数据，晚期或未经治疗的艾滋感染者有患更严重呼吸道感染的风险。 然而，与某些高危人群(如哮喘或心脏病患者)不同，艾滋治疗似乎能降低并发症的风险。拿新冠来说，只有未经治疗、病毒载量高或CD4低于350的人才有可能出现严重新冠并发症。
未经治疗的艾滋感染通常也与机会性呼吸道感染有关，如结核病、细菌性肺炎和肺炎球菌肺炎。接种针对新冠和肺炎球菌的疫苗可大大降低这种风险。
生活质量
即使有了副作用更少、给药方案更简单的新药，艾滋感染者在长期生活中仍面临一些问题。即使有良好的依从性，抗病毒治疗最终可能也会失败，且持续护理和治疗的费用可能造成经济负担和额外压力。
此外艾滋污名可能导致社会孤立，这不仅降低了生活质量，也降低了坚持治疗的能力。应对污名化问题被视为和病载抑制同水平重要。