在艾滋患者群体中，肛门癌的发病率在90年代中期都在上升，在21世纪初趋于平稳，近年来逐渐下降。，20世纪90年代出现上升的原因被认为是由于艾滋患者的寿命增长。“艾滋患者的寿命已经增长到足以出现肛门癌。”Ellsworth博士说。
尽管近年来肛门癌的总体发病率有所下降，但艾滋患者的患病风险依然严峻。在携带艾滋病毒的男同中，肛门癌的发病率大约与前列腺癌或乳腺癌一样高，远远高于其他常见癌症。
这可能是由于高水平的HPV暴露和细胞介导免疫降低共同造成的。
预防HPV相关癌症可能需要一种兼顾的办法，包括HPV疫苗，以防止感染HPV，治疗肛门高水平鳞状上皮内病变(HSIL)，并在该患者群体中寻找增强细胞免疫的方法。
新的数据显示，在艾滋患者中及早开始抗病毒疗法(ART)可能会降低癌症发病率。SMART(抗病毒治疗管理策略)试验的数据发现，与延迟抗病毒治疗的患者相比，立即开始抗病毒治疗可减少感染相关癌症的比率高达76% (AIDS 2007;21[14]:1957-1963)。
“近年来抗病毒治疗覆盖的增加已经对降低艾滋患者肛门癌发病率做出了帮助，”Ellsworth博士指出。“显然，有效的抗病毒治疗是预防肛门癌的一种方法。”
筛查也是一种有效的方法，患者应该在出现症状时进行筛查；有些患者可能需要每年都进行筛查。
Ellsworth博士表示，由于缺乏完善的指导方针，确定什么人以及何时能从筛查中受益并不清楚。但他指出，某些时候临床医生应该去进行筛查引导。
Ellsworth博士说:“鉴于男同艾滋患者的肛门癌发病率较高，一定要对这一人群进行筛查。”此外，他指出，感染艾滋病毒的女性，以及CD4计数较低和有艾滋病史的人都应该接受筛查。
“他们可能是最容易发展成肛门癌的群体，”Ellsworth博士说。
有症状的患者，如出血，排便疼痛或在接受性肛交期间，肛门疣或其他病变，瘙痒或有刺激性，以及艾滋阴性的男同，都应进行筛查。
“我们对这一群体中肛门癌发病率的了解较少。”Ellsworth博士说:“与普通人群相比，他们确实有更高的HSIL发病率，以及可能有更高的肛门癌发病率，但他们对治疗肛门HSIL的反应可能更好。”
免疫抑制的患者应该定期进行筛查，45岁以上、艾滋病毒阴性、宫颈HPV-16感染的女性也应该进行筛查。
“研究表明，这一群体中可能有25%的人普遍患有HSIL。”Ellsworth博士说:“我们认为大约70%的肛门癌是由HPV-16引起的，所以应该更密切地跟踪筛查HPV-16阳性群体。”一旦有任何异常应立即转介高分辨率或传统肛门镜检查。
预防肛门癌的最佳长效方法之一就是HPV疫苗。一项用成人实际数据的巢式病例对照研究发现，HPV疫苗在较年轻时接种，比在21岁以后接种更能产生保护作用(Lancet Child Adolesc Health 2018;2[10]:707-714)。
在艾滋患者中，HPV疫苗已被证明是安全且具有免疫原性。但与普通人相比，艾滋患者产生的疫苗特异性抗体可能更少。