一项涉及11名美国儿童的小型研究发现，去除覆盖在阴茎尖端的皮肤，可以改变自然生长在那里的细菌真菌数量和组合。在其他研究中，一些在包皮环切手术后减少的细菌群落，被证明与炎症和性病(STIs)有关。
包皮环切可预防性病的理论从19世纪就开始流传，当时一位名叫Jonathan Hutchinson的科学家认为，在伦敦，受过割礼的犹太人比未受过割礼的人更少感染梅毒。但当时的其他科学家认为Hutchinson过早下了结论了。他们表示，有关并不等于因果，可能还有其他混杂因素影响这种关系。
今天，同样的辩论仍在进行，双方都认为自己比对方更科学。根据在南非收集的观察数据，研究人员认为包皮环切术可能会更有效地防止HIV在异性恋群体中传播。这些结论是基于非洲成年男性中进行的三个大型随机对照试验的结果，这些试验表明包皮环切术可能会将感染艾滋的风险降低50%至60%。
但是，有其他研究对艾滋感染与包皮环切之间的关系提出了质疑。2022年10月，一项研究再次调查了六个非洲国家男性包皮环切和艾滋感染的统计数据，但没有发现两者之间有联系。这项研究也对目前大规模男性自愿包皮环切术(VMMC)提出了质疑，VMMC被认为能抑制艾滋传播。
然而，2007年，美国儿科学会回顾了关于包皮环切术的文献，并认为“目前的证据表明，男性新生儿包皮环切术的健康益处大于风险。”
美国疾病控制和预防中心也认为，包皮环切术可能在一定程度上预防艾滋病毒，但与此同时，他们认为没有严格的证据表明男性包皮环切能减少同性群体中的艾滋传播。