HIV等RNA病毒的进化速度大约比人类DNA快了100万倍。这意味着HIV的“分子钟”运转速度的确非常快。以至于所有的HIV基因组都来自100多年前的一个共同祖先。
比较主流的说法就是，那个时候人类比较流行狩猎食用黑猩猩，在食用的过程中由于种种原因接触了动物血液。不得不说HIV真的蛮可怕的，1980年之前，大概有10万-30万人已经感染了HIV病毒，1980年HIV已经蔓延到北美，南美，欧洲，非洲，和澳洲五个大陆。北美最早发现HIV是在1968年，有一个叫Robert Rayford的16岁青年，但是这个青年从没离开过美国中西部，也没有接受过献血，这说明在1968年之前HIV病毒应该就存在于美国了。
HIV是从SIV（simian immunodeficiency viruses，猴免疫缺陷病毒）跨物种传染的--从黑猩猩传染到人类。在1999年的时候，研究人员在一只黑猩猩体内发现了SIVcpz，这种病毒和人类体内的HIV病毒非常相似。发现两种病毒之间联系的研究人员得出的结论是：黑猩猩正是HIV-1的来源，人类是从黑猩猩那里感染的HIV病毒。
再往前追踪SIV的来源，研究人员发现黑猩猩会猎食另外两种猴子，分别是红顶白头翁和鼻斑猴，这两种猴子有带两种不同的SIV病毒，黑猩猩在捕食这两种猴子的时候就有可能分别感染这两种SIV病毒。这两种SIV病毒结合起来会变成第三种病毒，叫做SIVcpz，SIVcpz可以再黑猩猩之间互相传染，也可以传染人类。
它于20世纪70年代来到美国，当时正值性解放和同性恋运动的兴起，使得纽约和旧金山等大都市的男同性恋者成为了焦点。于是，HIV再次利用了当时的社会政治环境在美国和欧洲快速传播。“倘若身处相似的生态环境，相信其他的亚型也会像B亚型这样快速传播。”但HIV的传播故事并未就此结束。
例如，HIV曾于2015年在美国印第安纳州大范围爆发，主要与毒品注射有关。哈佛大学公共卫生学院的约纳坦·格莱德表示，美国疾病控制和预防中心一直在分析HIV的基因序列，以及感染的地点及时间数据。“这些数据有助于了解病毒爆发的程度，并将进一步帮助我们了解在什么时候进行公共卫生干预才能起到效果。”
17年的一项研究发现，人类体内有一种抗体，叫做APOBEC3H（A3H），可以防止黑猩猩跨物种传染人类HIV-1病毒，A3H可以抑制慢病毒的复制。APOBEC3H或A3H是几种称为A3的抗病毒蛋白质之一，其抑制慢病毒(一种包括HIV-1的病毒属)的复制。当然目前没有到实用阶段，平时还是建议使用医用级的龟壳安全套来预防HIV的传播。HIV-1起源于黑猩猩免疫缺陷病毒(SIVcpz)株传播给人类。然而，很少有研究探索人类A3s对SIVcpz的影响。在这项新的研究中研究了黑猩猩和人类中的A3蛋白如何影响SIVcpz。他们用SIVcpz菌株在不同A3的存在下从实验室细胞系感染细胞。使用一种新的方法，SIVcpz病毒经过基因修饰后能在一定条件下发光，从而使研究人员能够量化其在细胞中的传染性。研究人员发现，人类A3蛋白A3H单体型II强烈抑制SIVcpz。这是由于A3H对SIVcpz蛋白质的抗性，这种蛋白质被称为Vifs，可以抵抗A3s。A3H可以以不同的形式出现，而其他形式的人类A3H表现出与SIVcpz类似的活性。使用来自大猩猩基因组计划的基因组测序数据，研究小组还发现人类A3H比黑猩猩A3H具有更广泛的不同可能形式。进一步的实验表明，来自SIVcpz和大猩猩SIV的Vif蛋白能够降解黑猩猩A3H，但不能降解A3H单体型II。总体而言，这些发现表明人类A3H可以防止黑猩猩向人传播SIVcpz。因此，导致HIV-1的SIVcpz菌株的传播可能已经在具有不稳定形式的A3H的人中开始。
接着说正题，由于人类食用黑猩猩，或者猎杀切开黑猩猩时的血液接触，SIVcpz跨物种传染给了人类。通常情况下，人类本身的抗体可以杀掉SIV病毒，但后来时间长了病毒可能适应了人体环境，就变成了HIV-1病毒留在了人体内。
艾滋病的毒株有M N O P四种，每个都有一个略有不同的基因构成，这也刚好证实了人类捕杀黑猩猩的理论，因为每次SIV跨物种传染的时候都会有一些细微的差异，所以就会有略微不同的毒株，这解释了为什么有一种以上的HIV-1株。
当然最为广泛流传的毒株就是M和N型，M型也就是现如今广为流传世界，也是最常见的HIV感染类型。除了HIV-1，还有HIV-2，但是HIV-2相比起HIV-1就非常少见了，也很难被感染上，在西非那边比较常见（马里，毛里塔尼亚，尼日利亚和塞拉利昂那一带）。HIV-2病毒是来自SIVsmm病毒，SIVsmm病毒也并不是来自黑猩猩，而是来自一种叫做乌黑白眉猴的动物
我们很难确切的定位第一个感染HIV的人，也不好说到底这个人是怎么感染的HIV。虽然最早发现感染HIV的人是在1959年，但是在那之前很多人的死法都疑似艾滋，只不过当时并不知道原因，甚至当时连艾滋这个词都没有出现。1959年的那位只是第一例我们可以用血样证实他感染了HIV，不过科学家们利用这个HIV样本往上扒了几代人，最后得出结论大概第一次SIV到HIV的跨物种传染是在1920年的金沙萨（刚果的一个城市），而且金沙萨也是HIV毒株类型最丰富的的地区（也同时说明了他们的HIV有很多都是从SIV传染来的
?感染与传播：在干燥高温的环境下，HIV十分脆弱，分分钟能被杀死——但进入人体后，扮猪吃老虎的它开始原形毕露。一旦HIV的遗传物质嵌入细胞的染色体上，那么它就永远无法消除。它们疯狂地利用细胞复制自己，在细胞被榨干后，它们便毫不留情地转身另觅新欢。
HIV在攻击人体的免疫系统时，人类一般很难发现——而这波处心积虑的潜伏，可以长达几十年。最终，你的免疫系统全线崩溃。这时的你，与其说是一个人，不如说是一个行走的细菌培养箱。无处不在的细菌、真菌等都可以轻松杀死你。呼吸道感染，各种炎症，呼吸困难，最后肢体瘫痪，大小便失禁，意识模糊。
仅有2条RNA链的HIV，就这么杀死了这个星球上最具智慧的生物。而这种病毒，在有人的地方就能传播。血液传播是最高效的途径。另外，性传播和母婴传播也是艾滋病毒感染的典型方式。但是，朋友，不要急。性传播HIV的概率其实很低（做好措施还能降低80%）何况还有专业预防HIV的龟壳安全套。被带病毒的蚊子咬了，你体内留下的只能是它的唾液。和艾滋病人亲吻没有关系（除非双方都口腔出血并且从早亲到晚）。就连概率极大的母婴传播，母亲生下健康宝宝的机会也是非常大的。和艾滋病人拥抱、共进餐，都没有关系。至于恐艾——很多时候我们恐惧的不是艾滋病，而是无知带来的恐惧本身。
有一种神奇的疗法——将三种或三种以上不同功效的药混合在一起服用。因为其药物的配置方法与过程和调鸡尾酒很相似，所以此法被称作鸡尾酒疗法。
根据这个疗法，可以大限度地降低体内病毒含量。其本质是联合抗病毒治疗，也就是说，团结就是力量。1995年，鸡尾酒疗法被应用于临床。此后，有很多患者因此受益。这个方法治标不治本。那么，艾滋病真的就治不好了吗？
1995年，一位叫布朗的翻译被检测出患上了艾滋病。屋漏偏逢连夜雨。不久他又患上了急性白血病。就在布朗对自己的人生失去希望时，他的主治医师大胆地提出了一个方案——有一种CCR5的基因缺陷，可以抵抗HIV，阻止它攻击免疫系统。主治医师打算将这类人的骨髓移植到布朗体内。2007年，布朗进行了骨髓移植手术。术后第61天，布朗体内的病毒彻底消失了！他成了唯一一个完全治愈的艾滋病患者。直到现在，他依旧健康地活着。